微生物的種類繁多,細菌、原生生物和真菌是三個主要的微生物類別。細菌是原核生物,沒有真細胞核,也沒有被膜包圍的細胞器。原生生物包括藻類和原生動物,它們是單細胞的真核生物,有真細胞核,也有被膜包圍的細胞器。真菌可分為酵母和霉菌,有真細胞核和細胞壁。
原生生物直徑在 5 至 10 μm 之間。
原生生物包括類似植物的藻類和類似動物的原生動物。