微生物的種類繁多,細菌、原生生物和真菌是三個主要的微生物類別。細菌是原核生物,沒有真細胞核,也沒有被膜包圍的細胞器。原生生物包括藻類和原生動物,它們是單細胞的真核生物,有真細胞核,也有被膜包圍的細胞器。真菌可分為酵母和霉菌,有真細胞核和細胞壁。
細菌直徑在 1 至 5 μm 之間。有細胞壁,有的有莢膜。
細菌呈不同形狀,如桿狀(桿菌)、球狀(球菌)或螺旋狀(螺旋菌)。
桿狀的細菌,如寄居在人腸道中的大腸桿菌。
球狀的細菌,如引發化膿性炎症的金黃葡萄球菌。
螺旋菌,如引發胃潰瘍的幽門螺旋菌。