無菌操作避免微生物的研究結果被環境中的其他微生物污染,也可避免培養的微生物洩漏到環境中。無菌操作包括在微生物的預備、加工、培養和棄置時所進行的一連串步驟。而在進行任何微生物研究之前,應先進行風險評估,並設置安全措施,較少風險。
把培養基、含有培養基的試管或燒瓶進行滅菌處理。把它們放入高壓滅菌器,以壓力 103 kPa,溫度 121 °C 的蒸汽下加熱至少 20 分鐘,殺死裡面所有的微生物,並破壞細菌和真菌的孢子。