光系統 \(\text{Ⅰ}\) 和光系統 \(\text{Ⅱ}\) 均參與了光磷酸化。光磷酸化可分為三個部分：

1. 光系統 \(\text{Ⅱ}\) 中，葉綠素分子的電子被光能激活，經過電子傳遞鏈（生成 \(\text{ATP}\)），到達光系統 \(\text{Ⅰ}\) 中的葉綠素分子。
2. 光系統 \(\text{Ⅰ}\) 中的葉綠素分子吸收光能，釋出受激發的電子，電子與 \(\text{NADP}\)、水分子離解形成的氫離子結合，形成 \(\text{NADPH}\)。
3. 電子被激發後，光系統 \(\text{Ⅱ}\) 中的葉綠素分子便從水離解形成的氫氧離子中取回一個電子。氫氧離子失去電子被氧化，釋出氧。

整體來看光磷酸化，電子從水分子傳遞到光系統 II 中的葉綠素分子，經電子傳遞鏈到達光系統 I 中的葉綠素分子，然後被 \(\text{NADP}\) 接收，形成 \(\text{NADPH}\)。電子的傳遞是一個非循環的過程。